Риби
Във водите на реките и язовирите в Източни Родопи се срещат 26 вида риби от 8 семейства като от тях 4 са балкански ендемични вида: Vimba melanops (маришки морунаш, караятак), Chondrostoma vardarense (скобар), Barbus cyclolepis (маришка мряна) и Sabanejewia balcanica (лингур, балкански щипок). Само в Източни Родопи във водите на Бяла река се среща родопския щипок (Cobitis rhodopensis). Интерсен факт е, че голяма част от рибите извършват размножителни миграции. Много от тях изминават значителни разстояния по теченията на реките, за да хвърлят хайвера си.
Във водите на язовирите и водоемите на Източните Родопи се срещат Сом (Silurus glanis), Слънчева риба (Lepomis gibbosus), Бяла риба (Stizostedion lucioperca) и редица видове от сем. Шаранови, а в реките - Кротушката (Gobio gobio), както и представителите на сем. Виюнови (Cobitidae) и сем. Попчета (Gobiidae).